Apple PayにiDではなくクレジットカード設定にしたい

「Apple Payで」といって支払えるのは、以前は（今も？）ローソンだけだったように思います。

それ以外は、ウォレットに登録したカードを使う場合も、「iDで」とか「クレジットカードで」と指定する必要があるので、今回もそうすればいいのではありませんか。ただし、ウォレットアプリで「クレジットカード」として使えるのは、タッチ決済に対応しているカードだけです。

お使いのカードにタッチ決済の機能がついていない場合は、iDとしてしか使えませんね（カードの実物を使うことはもちろんできますが）。

似た様な決済のQUICPay付帯のクレカの場合の例ですが、

お店の決済端末で先に支払い方法を指定してもらってからWalletアプリで支払いしてます。

クレカのタッチ、QUICPayのタッチどちらの決済でも問題なく支払いできてますけど…

相手側の対応次第で特に設定など必要ないと思うんですが、iDは違うんですか？

ローソンで「Apple Payで」と言うとiDかQUICPayになります。

違う店舗でも同じかもしれません。

普通に「クレジットカードで」といってタッチしたら良いのではないでしょうか。